Capi settoriali dello IED
Il capo III sui grandi impianti di combustione (LCP), 
insieme al relativo allegato V, comprende alcuni strumenti di flessibilità:
- Il 1° gennaio 2016 è stata mantenuta come data di attuazione;
- Flessibilità temporanee: adozione di piano nazionale transitorio (fino al 30 giugno 2020) e opt-out (deroga a vita limitata per un massimo di 17 500 ore operative fino al 31 dicembre 2023);
- Deroghe per piccoli sistemi isolati e impianti di teleriscaldamento;
- Deroghe per impianti a carico di punta (< 1500 h/y); (< 1500 h/y)
- Possibilità di utilizzare il tasso di desolforazione al posto dei valori limite di emissione di SO2;
- Deroghe per LCP operanti nelle raffinerie
Il capo IV e l'allegato VI applicano disposizioni speciali agli impianti di incenerimento e co-incenerimento dei rifiuti. Il presente capo riprende in larga misura la precedente direttiva 2000/76/CE sull'incenerimento dei rifiuti. Rispetto a tale direttiva, taluni valori limite di emissione sono diventati tuttavia più severi. Le recenti modifiche riflettono la giurisprudenza della Corte di Giustizia Europea su questi aspetti. Un esempio di tali modifiche è l'inclusione di norme sulla classificazione degli impianti di gassificazione e pirolisi collegati agli impianti di combustione (articolo 42, paragrafo 1, secondo periodo).
I capi V e VI contengono disposizioni speciali riguardanti gli impianti che utilizzano solventi organici e gli impianti che producono biossido di titanio. Il capo V rifonde la direttiva 1999/13/CE, mentre il capo VI rifonde le direttive 78/176/CEE, 82/883/CEE e 92/112/CEE. Lo IED non contiene modifiche significative per quanto riguarda queste direttive.