Introduzione
Mentre le direttive hanno obiettivi di protezione diversi, le loro finalità generali sono simili e complementari. L'obiettivo generale delle due direttive è di contribuire a garantire la biodiversità attraverso la conservazione degli habitat naturali e della flora e della fauna selvatiche. Mentre la direttiva Uccelli mira a conservare le specie di uccelli, la direttiva Habitat non solo protegge altre specie di fauna e flora, ma estende il sistema di protezione anche ai tipi di habitat. La direttiva Uccelli protegge tutte le specie di uccelli che si trovano naturalmente nel territorio europeo degli Stati membri (circa 470 specie), mentre la direttiva Habitat protegge oltre 1 200 specie elencate e 231 tipi di habitat di interesse comunitario.
La direttiva Uccelli mira a raggiungere popolazioni di specie a un livello che corrisponde in particolare alle esigenze ecologiche, scientifiche e culturali. La direttiva Habitat mira a raggiungere uno stato di conservazione favorevole sia per le specie che per i tipi di habitat. Per raggiungere i loro obiettivi generali, le direttive richiedono che si tenga conto delle esigenze economiche, culturali e sociali o ricreative, poiché questi fattori rappresentano in modo significativo il contesto in cui le direttive devono essere attuate. La direttiva Habitat prevede inoltre che si tenga conto delle caratteristiche regionali e locali.
La protezione del sito è di grande importanza nel quadro del regime comunitario di protezione della natura, dato il deterioramento dello status quo degli habitat naturali e della flora e fauna selvatiche. Indicativamente, i tipi di habitat di interesse comunitario presentano generalmente uno stato di conservazione e una tendenza peggiore rispetto alle specie. Nell'UE, solo il 16 per cento delle valutazioni degli habitat a livello biogeografico è favorevole, mentre più di due terzi sono sfavorevoli. Nonostante i miglioramenti nelle conoscenze, il 7% rimane di status sconosciuto, con lacune significative in particolare per l'ambiente marino (grafico a torta di sinistra in basso). Per quanto riguarda le tendenze, il 33% delle valutazioni del tipo di habitat sono sfavorevole-stabile, il 30% è sfavorevole-in deterioramento, mentre il 4% è sfavorevole-in miglioramento (grafico a torta di destra in basso). Le praterie, le zone umide e gli habitat delle dune sono particolarmente preoccupanti. D'altro canto, gli habitat delle brughiere, del sottobosco e delle macchie di sclerofille (ad es. macchia mediterranea) stanno andando meglio della media. Le foreste e gli habitat d'acqua dolce sono prevalentemente sfavorevoli ma stabili. Le regioni alpina, macaronesica e steppica hanno la quota più alta di valutazioni favorevoli dello stato degli habitat terrestri (dal 25% al 50%), mentre valutazioni favorevoli degli habitat marini sono state riportate solo per la regione macaronesica marina (33,3%) e la regione marina del Mar Nero (14,3%). 
Stato di conservazione dei tipi di habitat e stato di conservazione dei tipi di habitat con tendenze per quelli giudicati sfavorevoli.
Fonte: http://ec.europa.eu/environment/nature/legislation/fitness_check/docs/nature_fitness_check.pdf#page=30