Καθορισμός τοποθεσίας και θέσπιση μέτρων διατήρησης
Οδηγία για τα πτηνά - Επιλογή και προσδιορισμός ζωνών ειδικής προστασίας (ΖΕΠ)
Η προστασία για τα απειλούμενα, καθώς και αποδημητικά, είδη, διασφαλίζεται με τη δημιουργία ενός συνεκτικού δικτύου ζωνών ειδικής προστασίας (ΖΕΠ) (άρθρο 4 παράγραφοι 1 και 2, σε συνδυασμό με το παράρτημα Ι της οδηγίας για τα πτηνά), οι οποίες επιλέγονται και ταξινομούνται νομικά από τα κράτη μέλη 
. Στις επιλεγμένες τοποθεσίες πρέπει να περιλαμβάνονται οι οικότοποι που χρειάζονται τα συγκεκριμένα είδη κατά το ζευγάρωμα, την αναπαραγωγή και την ανεύρεση τροφής, αλλά και τα αποδημητικά είδη, επιπλέον αυτών, για την αλλαγή φτερώματος, το κούρνιασμα και τη διαχείμαση. Τα κράτη μέλη έχουν περιθώριο διακριτικής ευχέρειας κατά τον προσδιορισμό των καταλληλότερων τόπων. Η αρχή αυτή επιβεβαιώθηκε από το ΔΕΕ στην υπόθεση Leybucht. . Ωστόσο, πρέπει να εφαρμόζουν επιστημονικά και ορνιθολογικά κριτήρια και όχι να λαμβάνουν υπόψη οικονομικούς ή κοινωνικούς προβληματισμούς. Τα κράτη μέλη πρέπει να εφαρμόζουν πλήρως τα κριτήρια αυτά κατά τρόπο που να διασφαλίζει ότι έχουν οριστεί όλα τα «καταλληλότερα εδάφη», τόσο σε αριθμό όσο και σε έκταση.
Εάν ένα κράτος μέλος δεν ορίσει μια από τις πιο κατάλληλες περιοχές ως ΖΕΠ, το Δικαστήριο μπορεί να αποφασίσει ότι η εν λόγω περιοχή θα έπρεπε να έχει χαρακτηριστεί ως τέτοια, όπως έκρινε, μεταξύ άλλων, στην υπόθεση Marismas de Santona. Μετά τον ορισμό πιθανών ΖΕΠ, τα κράτη μέλη παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τον τόπο στην Επιτροπή, η οποία καθορίζει εάν οι καθορισμένες τοποθεσίες επαρκούν ώστε να σχηματιστεί ένα συνεκτικό δίκτυο για την προστασία των ευπαθών και αποδημητικών ειδών. Τα κράτη μέλη διαβιβάζουν τις απαραίτητες πληροφορίες στην Επιτροπή μέσω τυποποιημένων εντύπων δεδομένων.
Λόγω του γεγονότος ότι η ίδια η οδηγία για τα πτηνά δεν παρέχει ρητά κριτήρια επιλογής για τις ΖΕΠ, μη κυβερνητικές οργανώσεις (ΜΚΟ), όπως η BirdLife International, με την υποστήριξη της Επιτροπής και των κρατών μελών, δημοσιεύουν καταλόγους αναφοράς σημαντικών περιοχών πτηνών με συγκεκριμένα κριτήρια επιλογής ώστε να παράσχουν βοήθεια στα κράτη μέλη κατά τον καθορισμό των εν λόγω ζωνών Από το 1994, όλες οι ΖΕΠ αποτελούν αναπόσπαστο μέρος του δικτύου Natura 2000, το οποίο περιλαμβάνει όλες τις πιο κατάλληλες περιοχές για τα πλέον απειλούμενα και τα αποδημητικά είδη.
http://ec.europa.eu/environment/nature/natura2000/barometer/docs/spa.jpg