Μέτρα προστασίας τόπων σύμφωνα με το άρθρο 6 της οδηγίας για τους οικοτόπους
Το άρθρο 6 αποτελεί βασική διάταξη της οδηγίας για τους οικοτόπους, καθώς καθορίζει το πλαίσιο για τη διατήρηση και την προστασία των τόπων και περιλαμβάνει προορατικές, προληπτικές και διαδικαστικές απαιτήσεις. Επιβάλλει στα κράτη μέλη μια σειρά ειδικών υποχρεώσεων και διαδικασιών που έχουν σχεδιαστεί, όπως προκύπτει από το άρθρο 2 παράγραφος 2 της οδηγίας, για τη διατήρηση ή, ανάλογα με την περίπτωση, την αποκατάσταση, σε ικανοποιητική κατάσταση διατήρησης, φυσικών οικοτόπων και ειδών άγριας πανίδας και χλωρίδας με ενδιαφέρον για την Ευρωπαϊκή Ένωση, προκειμένου να επιτευχθεί ο γενικότερος στόχος της οδηγίας, ο οποίος είναι η διασφάλιση υψηλού επιπέδου προστασίας του περιβάλλοντος όσον αφορά τους τόπους που προστατεύονται βάσει αυτής. 
Στο πλαίσιο αυτό, η οδηγία για τους οικοτόπους έχει ως στόχο τα κράτη μέλη να λαμβάνουν τα κατάλληλα προστατευτικά μέτρα για τη διατήρηση των οικολογικών χαρακτηριστικών των τόπων οι οποίοι φιλοξενούν φυσικούς οικοτόπους.
Το άρθρο 6 παράγραφοι 2, 3 και 4 ισχύει για τους ΤΚΣ (σύμφωνα με το άρθρο 4 παράγραφος 5 της οδηγίας για τους οικοτόπους). Το άρθρο 6 παράγραφος 1 ισχύει μόνο για τις ΕΖΔ, οι οποίες υπόκεινται επίσης στις απαιτήσεις του άρθρου 6 παράγραφοι 2, 3 και 4. Δεδομένου ότι το άρθρο 6 ορίζει διατάξεις που διέπουν τη διατήρηση και τη διαχείριση των περιοχών Natura 2000, αυτός είναι ο κανονισμός που καθορίζει περισσότερο τη σχέση μεταξύ διατήρησης και χρήσης γης.
Εν συντομία, το άρθρο περιέχει τρία βασικά σύνολα διατάξεων: Το άρθρο 6 παράγραφος 1 προβλέπει τη θέσπιση των απαραίτητων μέτρων διατήρησης και επικεντρώνεται σε θετικές και προληπτικές παρεμβάσεις· το άρθρο 6 παράγραφος 2 προβλέπει την αποφυγή της υποβάθμισης των οικοτόπων και της σημαντικής ενόχλησης των ειδών. Η εστίασή του είναι επομένως προληπτική· το άρθρο 6 παράγραφοι 3 και 4 καθορίζει μια σειρά διαδικαστικών και ουσιαστικών διασφαλίσεων που διέπουν σχέδια και έργα τα οποία ενδέχεται να έχουν σημαντική επίδραση σε μια τοποθεσία Natura 2000. Στο πλαίσιο αυτής της δομής, είναι φανερό στο παρακάτω σχήμα ότι γίνεται διάκριση μεταξύ του άρθρου 6 παράγραφοι 1 και 2 που ορίζει ένα γενικό καθεστώς και του άρθρου 6 παράγραφοι 3 και 4 που ορίζει τη διαδικασία η οποία εφαρμόζεται σε συγκεκριμένες περιστάσεις.
Ωστόσο, το γενικό καθεστώς του άρθρου 6 παράγραφος 2 είναι μάλλον αυστηρό, κάτι που σημαίνει ότι μια δραστηριότητα συμμορφώνεται με το καθεστώς αυτό μόνον εάν είναι εγγυημένο ότι δεν θα προκαλέσει ενόχληση που ενδέχεται να επηρεάσει σημαντικά τους στόχους της εν λόγω οδηγίας, ιδίως τους στόχους διατήρησής της. Κατά συνέπεια, προκειμένου να αποδειχθεί μη τήρηση υποχρεώσεων βάσει του άρθρου 6 παράγραφος 2 της οδηγίας για τους οικοτόπους, δεν χρειάζεται να αποδειχθεί η ύπαρξη σχέσης αιτίου-αποτελέσματος μεταξύ των δραστηριοτήτων (για παράδειγμα, κατασκευαστικών εργασιών) και της σημαντικής ενόχλησης που προκαλείται στα σχετικά είδη. Αρκεί να αποδειχθεί ότι υπάρχει πιθανότητα ή κίνδυνος η δραστηριότητα να προκαλέσει σημαντική ενόχληση στα εν λόγω είδη.
Θα πρέπει να σημειωθεί ότι το άρθρο 6 παράγραφος 2, όπως και το άρθρο 4 παράγραφος 4 πρώτη περίοδος της οδηγίας για τα πτηνά, απαιτεί από τα κράτη μέλη να λαμβάνουν τα κατάλληλα μέτρα ώστε να αποφεύγεται, σε ΖΕΠ που ταξινομούνται σύμφωνα με το άρθρο 4 παράγραφος 1 της οδηγίας για τα πτηνά, υποβάθμιση των οικοτόπων και ενόχληση που επηρεάζει σημαντικά τα είδη για τα οποία έχουν ταξινομηθεί οι ΖΕΠ. Όσον αφορά τις περιοχές που ταξινομούνται ως ΖΕΠ, το άρθρο 7 της οδηγίας για τους οικοτόπους προβλέπει ότι οι υποχρεώσεις που απορρέουν από το άρθρο 4 παράγραφος 4 της οδηγίας για τα πτηνά αντικαθίστανται, μεταξύ άλλων, από τις υποχρεώσεις που απορρέουν από το άρθρο 6 παράγραφος 2 της οδηγίας για τους οικοτόπους από την ημερομηνία εφαρμογής της οδηγίας για τους οικοτόπους ή την ημερομηνία ταξινόμησης βάσει της οδηγίας για τα πτηνά, όπου η δεύτερη από τις παραπάνω ημερομηνίες είναι μεταγενέστερη.
Εξεταζόμενες σφαιρικά, οι διατάξεις του άρθρου 6 αντικατοπτρίζουν τον γενικό προσανατολισμό που εκφράζεται στις αιτιολογικές σκέψεις της οδηγίας. Αφορούν την ανάγκη προώθησης της βιοποικιλότητας με τη διατήρηση ή την αποκατάσταση ορισμένων οικοτόπων και ειδών σε «ικανοποιητική κατάσταση διατήρησης» στο πλαίσιο των περιοχών Natura 2000, λαμβάνοντας συγχρόνως υπόψη τις οικονομικές, κοινωνικές, πολιτιστικές και περιφερειακές απαιτήσεις, ως μέσο επίτευξης βιώσιμης ανάπτυξης.