Jutīgās teritorijas
Vēl viens svarīgs noteikums ir 5. pants, kurā ir noteikta īpaša papildu prasība, kas attiecas uz “jutīgajām teritorijām”. Dalībvalstis nodrošina, ka komunālajiem notekūdeņiem, kas nonāk savākšanas sistēmās, pirms to novadīšanas šādās jutīgās teritorijās tiek piemērota “stingrāka attīrīšana”, dažreiz saukta par “terciāro attīrīšanu”, kas attiecas uz visām izplūdēm no aglomerācijām, kas pārsniedz 10 000 c.e. ( 5. panta 2. punkts). Jutīgās teritorijas kopumā ir saldūdens tilpnes, ietekas estuāros un piekrastes ūdeņi, “kas ir eitrofiski vai tuvākajā nākotnē var kļūt eitrofiski, ja netiks veiktas aizsargājošas darbības”, virszemes saldūdens, kas paredzēts dzeramā ūdens ieguvei, “kas varētu saturēt pārmērīgu nitrātu koncentrāciju (…), ja netiek veikti pasākumi”, un, saskaņā ar zināma veida “visaptverošo klauzulu”, visas pārējās “teritorijas, kurās nepieciešama papildu attīrīšana, nekā noteikts šīs direktīvas 4. pantā, nodrošinot atbilstību Padomes direktīvām” (II pielikums).
Ūdeņus drīkst noteikt par jutīgām teritorijām tikai tad, ja izplūde veicina ūdens vides eitrofisko raksturu vai risku, ka ūdeņi var kļūt eitrofiski. Konkrētajā piemērā cēloņsakarības esamība starp barības vielu ievadīšanu un fitoplanktona paātrinātu augšanu tika uzskatīta par pietiekami ticamu, lai būtu nepieciešams veikt pasākumus, kas balstīti uz piesardzības principu, kaut arī ekoloģiskais modelis, uz kura tas balstījās, nebija ideāls (Lieta C-282/02 Komisija v. Francija, [2004] ERC I-8573, 2. p.). Piemēram, tika konstatēts, ka jutīgas teritorijas pastāv un tajās būtu jānosaka stingrākas attīrīšanas prasības visā Somijas teritorijā (lieta C-335/07 Komisija v. Somija [2009] ECR I-9459, 31.p.) kā arī visā Zviedrijas teritorijā (lieta C-438/07 Komisija v. Zviedrija [2009] ECR I-9517, 34. p.). Tika konstatēts, ka Itālija pārkāpj noteikumus, jo tā neveica pilsētas notekūdeņiem Milānas apgabalā stingrāku attīrīšanu nekā parastā sekundārā attīrīšana, kaut arī tie tika novadīti jutīgajās “Pô Delta” zonās un Adrijas jūras ziemeļrietumu reģionos: nav nekādas atšķirības, vai notekūdeņi tiek novadīti tieši jutīgā vietā, nevis netieši, piemēram, caur Po ūdens baseinu (lieta C-396/00 Komisija v. Itālija, [2002] ECR I-3949). Tomēr tiešām vai netiešām izplūdēm no pilsētas notekūdeņu attīrīšanas iekārtām, kas atrodas vienā jutīgas teritorijas sateces baseinā, ir jāatbilst prasībām, kas piemērojamas jutīgajām teritorijām, tikai tiktāl, ciktāl šīs izplūdes veicina šīs teritorijas piesārņojumu un ja pastāv cēloņsakarība starp šīm izplūdēm un jutīgo zonu piesārņojumu (lieta C-335/07 Komisija v. Somija [2009] ECR I-9459, 41.-44.p.; lieta C-438/07 Komisija v. Zviedrija [2009] ECR I-9517, 45.-47.p.).