Direktīvas ieviešana
Direktīvas ieviešana daudzās dalībvalstīs ir bijusi ļoti apgrūtinoša, jo lielākajai daļai pašvaldību ir vajadzīgi lieli ieguldījumi. 2004. gadā Komisija publicēja ziņojumu par direktīvas īstenošanu (Com (2004) 248), kurā secināts, ka pilsētas notekūdeņu novadīšana varētu būt otrais ūdenstilpju eitrofikācijas avots un varētu veidot līdz pat 50% no globālās ietekmes, neraugoties uz ieguldītajām pūlēm. 2002. gadā, izņemot Vāciju un Nīderlandi, tikai 52% no aglomerācijām, kas izvada ūdeni jutīgās teritorijās, bija nepieciešama stingrāka ūdens attīrīšana, un tikai 387 no 556 apgabaliem, kuros dzīvo vairāk nekā 100 000 iedzīvotāju, bija apstrādes sistēmas, kuras tika atzītas par apmierinošām. Ziņojumā tika sniegts arī kopsavilkums par “daudzajām” prasībām, kas tika izskatītas Tiesā. Tādējādi vēl 2013. un 2016. gadā tika konstatēts, ka Francija pārkāpj noteikumus, pat nespējot apspriest savu iespējamo nespēju savākt un pienācīgi attīrīt pilsētas notekūdeņus vairākās aizjūras aglomerācijās (lieta C-23 / 13 Komisija v. Francija ECLI: EU: C: 2013: 723) un pat kontinentālās aglomerācijās (lieta C-314/15 Komisija v. Francija ECLI:EU:C:2016:887). Atsevišķas dalībvalstis pat nevarēja iebilst pret to, ka tiek konstatēts, ka tiek pārkāptas visas iepriekš minētās galvenās prasības desmitiem aglomerāciju (sk., piemēram, lieta C-565/10, Komisija v. Itālija ECLI: EU: C: 2012: 476; lieta C-85/13 Komisija v. Itālija ECLI: EU: C: 2014: 251). Par neatbilstību notekūdeņu attīrīšanā tikai divās iekārtās Tiesa noteica vienreizēju maksājumu 2 000 000 EUR apmērā un periodiskus maksājumus 2800 EUR par katru kavējuma dienu (lieta C-576/11 Komisija v. Luksemburga ECLI:EU:C:2013:773).