Komunālo notekūdeņu attīrīšana
Būtiska direktīvas iezīme, kas bieži tiek skatīta tiesvedībā, ir 4. panta prasība, ka pilsētas notekūdeņiem, kas nonāk savākšanas sistēmās, jāveic sekundāra attīrīšana vai ekvivalenta attīrīšana, t.i., “izmantojot procesu, kas parasti ietver bioloģisku attīrīšanu ar sekundāru nostādināšanu vai citu procesu” un tiem jāatbilst noteiktām prasībām attiecībā uz koncentrācijas robežvērtībām un minimālo samazinājuma procentu, vai jāveic ekvivalenta attīrīšana (4. pants un I pielikums). Turklāt attiecībā uz notekūdeņiem saldūdenī un upes grīvās no aglomerācijām ar mazāk par 2 000 c.e., un attiecībā uz notekūdeņiem piekrastes ūdeņos no aglomerācijām ar mazāk par 10 000 c.e., pilsētas notekūdeņiem ir jāveic “atbilstīga attīrīšana”, t.i., “attīrīšana ar jebkuru procesu un/vai uzglabāšanas sistēmu, kas pēc novadīšanas nodrošina saņemošo ūdeņu atbilstību attiecīgajiem kvalitātes mērķiem un šīs un citu Kopienas direktīvu attiecīgajām prasībām” (2. panta 9. punkts un 7. pants).
Mūsdienās dalībvalstīm, kuras joprojām nav izpildījušas šīs prasības, tiek uzliktas stingras finansiālas sankcijas. Piemēram, Grieķijai tika piespriests samaksāt vienreizēju maksājumu 10 000 000 EUR apmērā un periodisku maksājumu 3 640 000 EUR apmērā semestrī, līdz tā pilnībā novērsīs Tiesas konstatēto pārkāpumu. Interesanti, ka periodiskais maksājums tiek samazināts par tādu procentuālo apjomu, kas atbilst procentuālajai attiecībai starp atlikušo neatbilstošo aglomerāciju c.e. perioda beigās un šo rādītāju sprieduma izdarīšanas brīdī (Lieta C-167/14 Komisija v. Grieķija ECLI: EU: C: 2015: 684). Turpretī, kad neatbilstība tika konstatēta tikai vienā aglomerācijā, Portugālei tika piespriests samaksāt 8000 EUR par katru kavēto dienu līdz nepieciešamo pasākumu izpildei, kā arī vienreizēju maksājumu 3 000 000 EUR apmērā (Lieta C-557/14 Komisija v. Portugāle ECLI: EU : C: 2016: 471).
Tiesa norādīja, ka pat tad, ja runa ir par lielu skaitu mazu aglomerāciju, dalībvalstis nevar atsaukties uz materiāliem, tehniskiem un budžeta ierobežojumiem, jo ES likumdevējs, “apzinoties infrastruktūras darbu, kas nepieciešams direktīvas pilnīgai īstenošanai, izmaksas, dalībvalstīm noteica vairāku gadu periodu pienākumu izpildei ”(Lieta C-395/13 Komisija v. Beļģija ECLI: EU: C: 2014: 2347, 51. p.). Tomēr tikai Komisija ir kompetenta izlemt, vai ir lietderīgi celt prasību pret dalībvalsti par tās pienākumu neizpildi, un noteikt dalībvalsts darbību vai bezdarbību, uz kuras pamata šī procedūra būtu jāuzsāk, vispārīgā praksē, neraugoties uz faktu, ka direktīva paredz notekūdeņu savākšanu 100% apmērā, šāda prasība tiek celta tikai attiecībā uz aglomerācijām, kur notekūdeņu savākšanas apmērs ir zemāks par 98% vai kur nesavāktie 2% notekūdeņu atspoguļo c.e., kas ir lielāks vai vienāds par 2000 (Lieta C-395/13 Komisija v. Beļģija ECLI:EU:C:2014:2347, 33. p.).