Misure di protezione dei siti ai sensi dell'articolo 6 della direttiva Habitat
Valutazione di piani e progetti e misure compensative
L'articolo 6, paragrafo 3 è un'espressione del principio di precauzione. Una valutazione è necessaria quando sussistono dubbi sull'esistenza di effetti significativi. Questo potrebbe essere il caso, ad esempio, quando i piani o i progetti non possono essere definiti in modo restrittivo 
o quando l'autorizzazione preliminare richiede già una valutazione, come l'utilizzo del piano regolatore. In particolare, tenuto conto del principio di precauzione, qualora un piano o un progetto non direttamente connesso o necessario alla gestione di un sito possa compromettere gli obiettivi di conservazione del sito medesimo, si deve ritenere che esso possa avere un effetto significativo su tale sito. La valutazione di tale rischio deve essere effettuata, in particolare, alla luce delle caratteristiche e delle condizioni ambientali specifiche del sito interessato da tale piano o progetto. Le disposizioni dell'articolo 6, paragrafo 3 non si limitano ai piani e ai progetti che hanno luogo esclusivamente in un sito protetto o che comprendono esclusivamente un sito protetto; esse riguardano anche gli sviluppi situati al di fuori del sito, ma che possono avere un impatto significativo su di esso.
La valutazione stessa è un meccanismo fondamentale per la protezione del sito e pertanto devono essere utilizzate le migliori conoscenze scientifiche nel settore. In generale, la valutazione deve precedere l'approvazione del progetto e deve essere conforme agli obiettivi di conservazione. Il suo scopo è quello di fornire risultati e conclusioni complete, precise e definitive in grado di eliminare ogni ragionevole dubbio scientifico sul lavoro proposto. Non possono quindi presentare lacune e devono contenere risultati e conclusioni complete, precise e definitive, in grado di eliminare ogni ragionevole dubbio scientifico sugli effetti delle opere proposte sul sito protetto in questione.
La seconda fase della valutazione, prevista dall'art. 6, n. 3, secondo periodo, che si svolge a seguito della suddetta opportuna valutazione, consente di autorizzare tale piano o progetto solo se esso non pregiudica l'integrità del sito interessato, fatte salve le disposizioni dell'art. 6, n. 4, della stessa direttiva. Le autorità nazionali competenti non possono quindi autorizzare interventi in caso di rischio di danno durevole alle caratteristiche ecologiche di siti che ospitano tipi di habitat naturali di interesse comunitario o tipi di habitat naturali prioritari. Ciò si verificherebbe, in particolare, quando sussiste il rischio che un intervento comporti la scomparsa o la distruzione parziale e irreparabile di un siffatto tipo di habitat naturale presente nel sito interessato. Secondo giurisprudenza consolidata della CGUE, non deve sussistere alcun ragionevole dubbio scientifico circa l'assenza di effetti negativi sull'integrità del sito in questione fin dalla data di adozione della decisione che autorizza l'attuazione del progetto. L'approvazione di piani e/o progetti deve, pertanto, essere preceduta da una valutazione adeguata e accurata circa gli impatti e le conseguenze dei medesimi per il sito in questione. Tale valutazione, pertanto, non può essere concomitante o successiva all'approvazione.
Nella causa C-441/17 Commissione v Polonia (Foresta diBialowieza), la CGUE ha ritenuto che, per loro stessa natura, le operazioni di gestione attiva delle foreste, in quanto comportano l'attuazione di operazioni quali la rimozione e l'abbattimento di alberi in habitat protetti all'interno del sito Natura 2000 di Puszcza Bialowieska, sono tali da compromettere, in virtù anche della loro portata e intensità, gli obiettivi di conservazione del sito. Ne consegue l'esistenza circa la probabilità che le operazioni di gestione attiva delle foreste avessero un effetto significativo sull'integrità del sito Natura 2000. Di conseguenza, si era reso necessario procedere ad una valutazione dell'incidenza di tali operazioni sul sito in questione, in forza dell'art. 6, n. 3, prima frase. Tuttavia, la valutazione d'incidenza presentava una serie di lacune sostanziali e non poteva sostenere in modo sufficiente l'autorizzazione delle operazioni.
L'articolo 6, paragrafo 4 si applica in caso di valutazione negativa, vale a dire l'assenza di consenso ai sensi dell'articolo 6, paragrafo 3, a causa di effetti negativi o incertezza. Le disposizioni dell'articolo 6, paragrafo 4 si applicano quando i risultati della valutazione preliminare di cui all'articolo 6, paragrafo 3 sono negativi o incerti. La conoscenza dell'incidenza di un piano o di un progetto alla luce degli obiettivi di conservazione del sito in questione costituisce un presupposto necessario per l'applicazione dell'articolo 6, paragrafo 4. In mancanza di tale presupposto, infatti, non può essere valutata alcuna condizione per l'applicazione di tale disposizione derogatoria. La valutazione di eventuali motivi imperativi di rilevante interesse pubblico e dell'esistenza di alternative meno dannose richiede una ponderazione dei danni causati al sito dal piano o dal progetto in esame. Inoltre, per determinare la natura di eventuali misure compensative, è necessario individuare e identificare con precisione i danni al sito in questione.
Deve essere seguito l'ordine sequenziale dei suoi passi. In circostanze eccezionali, un piano o progetto può ancora essere autorizzato a procedere, a condizione che non esistano soluzioni alternative e che il piano o progetto sia considerato di interesse pubblico prevalente , come la salute o la sicurezza pubblica.
Un interesse pubblico prevalente esiste solo quando è così importante da poter essere ponderato rispetto all'obiettivo di conservazione. L'irrigazione e l'approvvigionamento di acqua potabile possono rispondere a questa importanza; per la costruzione di un centro di gestione, tuttavia, non è così.
Commissione europea: è ragionevole ritenere che le "ragioni imperative di rilevante interesse pubblico, comprese quelle di natura sociale ed economica" si riferiscono a situazioni in cui i piani o i progetti previsti si rivelano indispensabili:
- nell'ambito di azioni o politiche volte a proteggere i valori fondamentali per la vita dei cittadini (salute, sicurezza, ambiente);
- nell'ambito di politiche fondamentali per lo Stato e la società;
- nell'ambito dello svolgimento di attività di natura economica o sociale, in adempimento di specifici obblighi di servizio pubblico.