Misure di protezione dei siti ai sensi dell'articolo 6 della direttiva Habitat
Valutazione di piani e progetti e misure compensative
Tuttavia, le alternative devono essere esaminate se non si può escludere immediatamente che siano in grado di costituire soluzioni alternative. Ciò richiede una valutazione comparativa delle alternative. In generale, esaminando un'alternativa, deve essere applicato il test specifico di proporzionalità.
La valutazione delle condizioni di deroga dipende da un'adeguata valutazione ai sensi dell'articolo 6, paragrafo 3: le alternative possono essere scelte solo se gli impatti sono noti e la ponderazione di altri interessi con gli impatti sul sito richiede conoscenze precise. 
Nel caso di circostanze particolari che consentono allo Stato membro di portare avanti il suo progetto, esso deve adottare misure compensative adeguate per garantire la tutela della coerenza globale della rete Natura 2000. Una compensazione adeguata può essere attuata solo se determinata in funzione dell'impatto. La compensazione deve riguardare specificamente gli effetti negativi.
Le misure compensative costituiscono misure specifiche di un progetto o piano, in aggiunta alle normali pratiche di attuazione delle direttive "Natura". Esse mirano a compensare l'impatto negativo di un progetto e a fornire una compensazione corrispondente esattamente agli effetti negativi sulla specie o l'habitat in questione. Le misure compensative costituiscono l'ultima risorsa. Esse sono utilizzate solo quando le altre garanzie previste dalla direttiva sono inefficaci e si è deciso di prendere in considerazione, tuttavia, un progetto/piano che ha un impatto negativo sul sito Natura 2000.
Ulteriori letture: La Commissione ha elaborato una serie di documenti generali di orientamento interpretativo e metodologico sulle disposizioni specifiche dell'articolo 6 al fine di fornire una migliore comprensione e una corretta applicazione dell'articolo.