Das Verfahren einer SUP
Pläne und Programme im Rahmen der SUP-Richtlinie - Geltungsbereich
Der bedeutendste Unterschied zwischen der UVP- und der SUP-Richtlinie liegt in ihrem Geltungsbereich: Während sich eine UVP auf ein bestimmtes Projekt (z. B. den Bau einer Eisenbahnlinie oder einer Autobahn oder die Errichtung einer Industrieanlage) und nur auf die Umweltfolgen/-auswirkungen dieses Projekts konzentriert, wendet eine SUP einen allgemeineren Ansatz an, wenn öffentliche Pläne und Programme aus verschiedenen Sektoren (Landwirtschaft, Forstwirtschaft, Fischerei, Energie, Industrie, Flächennutzungsplanung usw.) betrachtet werden. Solche Pläne und Programme stehen aufgrund ihrer Art und Definition auf einer höheren Planungsebene und umfassen mindestens zwei (aber eher mehr) Projekte, die in den Geltungsbereich der UVP-Richtlinie fallen würden. Beispielsweise kann das Programm für die Entwicklung der Verkehrsinfrastruktur eines Mitgliedstaates den Bau mehrerer Eisenbahnlinien und/oder Autobahnen umfassen, während eine Energiestrategie eine Vielzahl von Projekten sowohl aus Anhang I (große Wärmekraftwerke, Öl- und Gaspipelines, unterirdische Gasspeicher oder kerntechnische Anlagen, Freileitungen) als auch aus Anhang II (kleinere Wärmekraftwerke, Wasserkraftwerke usw.) der UVP-Richtlinie umfassen kann.
Bei der Klärung des Verhältnisses zwischen den beiden Richtlinien ist der EuGH auch zu dem Schluss gelangt, dass die Anforderungen der beiden Richtlinien kumulativ angewandt werden müssen, da sich die nach der UVP- bzw. der SUP-Richtlinie durchgeführten Prüfungen in verschiedener Hinsicht unterscheiden. 
Artikel 3 der SUP-Richtlinie erkennt auch die enge Verbindung zwischen den beiden Richtlinien im Zusammenhang mit Umweltprüfungen an, indem er eine obligatorische SUP für Pläne und Programme vorschreibt, „durch die der Rahmen für die künftige Genehmigung der in den Anhängen I und II der Richtlinie 85/337/EWG aufgeführten Projekte gesetzt wird“.
Zugleich werden Pläne und Programme, die ausschließlich Zielen der Landesverteidigung oder des Katastrophenschutzes dienen, sowie Finanz- oder Haushaltspläne und -programme ausdrücklich von der Verpflichtung zur Durchführung einer SUP ausgenommen.