L'attuazione della direttiva
L'attuazione della direttiva è stata notoriamente complessa in molti Stati membri, in quanto ha richiesto grandi investimenti da parte della maggior parte dei Comuni. Nel 2004, la Commissione ha pubblicato una relazione sull'attuazione della direttiva (COM(2004) 248), in cui si afferma che gli scarichi di acque reflue urbane potrebbero essere la seconda fonte di eutrofizzazione dei corpi idrici e potrebbero essere responsabili, fino al 50%, dell'impatto globale, nonostante gli sforzi compiuti. Nel 2002, ad eccezione della Germania e dei Paesi Bassi, solo il 52% degli agglomerati che conferiscono le acque reflue in aree sensibili richiedeva un trattamento più spinto, e solo 387 delle 556 contee con oltre 100.000 abitanti disponevano di sistemi di trattamento giudicati soddisfacenti. La relazione fornisce, inoltre, una sintesi delle "numerose" procedure in corso dinanzi alla Corte. Già nel 2013 e nel 2016, la Francia è stata giudicata inadempiente, senza nemmeno essere in grado di contestare la presunta mancata raccolta e applicazione di un trattamento adeguato delle acque reflue urbane in diversi agglomerati d'oltremare (causa C-23/13, Commissione contro Francia, ECLI:EU:C:2013:723), nonché in alcuni agglomerati continentali (causa C-314/15, Commissione contro Francia, ECLI:EU:C:2016:887). Alcuni Stati membri non sono stati nemmeno in grado di contestare la presunta violazione di tutti i suddetti requisiti principali per decine di agglomerati (cfr., ad esempio, causa C-565/10, Commissione contro Italia, ECLI:EU:C:2012:476; causa C-85/13, Commissione contro Italia, ECLI:EU:C:2014:251). Anche solo per la mancata conformità nell'esecuzione del trattamento delle acque reflue in due impianti, la Corte ha ordinato un pagamento forfettario di 2.000.000 di euro e pagamenti periodici di 2.800 euro per giorno di ritardo (causa C-576/11, Commissione contro Lussemburgo, ECLI:EU:C:2013:773).