Εισαγωγή: Ευρωπαϊκά ύδατα και ρύπανση
Η ευρωπαϊκή ήπειρος αποτελείται από αρκετά εκατομμύρια χιλιόμετρα ρέοντος νερού και από περισσότερες από ένα εκατομμύριο λίμνες. Η Ευρώπη περιβάλλεται από εννέα θαλάσσιες λεκάνες. Όπως φαίνεται από την επισκόπηση που δημοσιεύτηκε από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Περιβάλλοντος (ΕΟΠ) στον ιστότοπό του, όλα αυτά τα ύδατα έχουν τα δικά τους χαρακτηριστικά και τα δικά τους περιβαλλοντικά προβλήματα: οι κλιματολογικές συνθήκες της λεκάνης απορροής, για παράδειγμα η βροχή, τα πετρώματα και το είδος του εδάφους επηρεάζουν το καθένα τη ροή των υδάτων και την περιεκτικότητά τους σε ανόργανα συστατικά, ενώ και η ανθρώπινη δραστηριότητα επηρεάζει τα επιφανειακά και υπόγεια ύδατα μέσω της δάσωσης, της αστικοποίησης, της αποξήρανσης εδαφών, της απόρριψης ρύπων και της ρύθμισης της ροής, όπως με φράγματα και με διοχέτευση μέσω καναλιών 
. Ενώ η ποιότητα των υδάτων των ποταμών σε ολόκληρη την Ευρώπη έχει βελτιωθεί σημαντικά χάρη σε μια σειρά περιβαλλοντικών νομοθετικών πράξεων της ΕΕ από τη δεκαετία του 1970, οι πιέσεις από τη γεωργία, την αστικοποίηση, τον τουρισμό και την κλιματική αλλαγή υποδηλώνουν ότι η προσπάθεια για την εγγύηση της ποιότητας των υδάτων συνεχίζεται. Η ποιότητα των υδάτων αποτελεί περίπλοκο ζήτημα που επιβαρύνεται από την επίδραση διαφόρων πιέσεων και σχέσεων πολλαπλών αιτίων/πολλαπλών αποτελεσμάτων και από τις πολλές μορφές που μπορεί να λάβει η ρύπανση.
Επομένως, ο ΕΟΠ σημειώνει περαιτέρω ότι πολλοί οργανικοί ρύποι, συμπεριλαμβανομένων των λυμάτων, καθώς και απόβλητα αγροκτημάτων και επεξεργασίας τροφίμων, καταναλώνουν οξυγόνο, προκαλώντας ασφυξία στα ψάρια και σε άλλα είδη υδρόβιας ζωής. Οι μεγαλύτερες πηγές οργανικών αποβλήτων είναι τα οικιακά λύματα, βιομηχανίες όπως οι χαρτοβιομηχανίες ή οι βιομηχανίες επεξεργασίας τροφίμων και, περιστασιακά, τα απορρίμματα ενσίρωσης και η υδαρής κοπριά από τη γεωργία. Η αύξηση της βιομηχανικής και γεωργικής παραγωγής, σε συνδυασμό με το μεγαλύτερο ποσοστό του πληθυσμού που είναι συνδεδεμένο με συστήματα αποχέτευσης, είχε αρχικά ως αποτέλεσμα αυξήσεις στην απόρριψη οργανικών αποβλήτων στα επιφανειακά ύδατα. Τα θρεπτικά συστατικά, όπως τα νιτρικά και τα φωσφορικά άλατα που περιέχονται στα λιπάσματα των αγροκτημάτων και στα οικιακά απορρυπαντικά, μπορούν να λιπάνουν υπερβολικά το νερό, προκαλώντας την ανάπτυξη μεγάλων στρωμάτων αλγών, μερικά από τα οποία μπορεί να είναι τοξικά. Τα θρεπτικά συστατικά απορρίπτονται στο υδάτινο περιβάλλον εξαιτίας της λειτουργίας πολλών ανθρώπινων δραστηριοτήτων, π.χ. μέσω λυμάτων από τα νοικοκυριά και τη βιομηχανία ή μέσω της απώλειας θρεπτικών συστατικών από τη γεωργία και την ιχθυοκαλλιέργεια. Η γεωργία είναι η κύρια πηγή φορτίων αζώτου και σημαντική πηγή φορτίων φωσφόρου, αν και μεγάλες ποσότητες φωσφόρου προέρχονται επίσης από σημειακές πηγές και αραιοκατοικημένες περιοχές.
Τα φυτοφάρμακα και τα κτηνιατρικά φάρμακα από τις καλλιεργήσιμες εκτάσεις και οι χημικές προσμείξεις, συμπεριλαμβανομένων βαρέων μετάλλων και ορισμένων βιομηχανικών χημικών, μπορεί να απειλήσουν την άγρια ζωή και την ανθρώπινη υγεία. Μερικά από αυτά παραβλάπτουν τα ορμονικά συστήματα των ψαριών, προκαλώντας θηλυκοποίηση. Τα λύματα περιέχουν πολλές επικίνδυνες ουσίες που προέρχονται από απορρυπαντικά και άλλες ουσίες, πολλές δε ουσίες χρησιμοποιούνται στη βιομηχανική παραγωγή και στον τομέα των μεταφορών. Τα φυτοφάρμακα και άλλες ουσίες διαρρέουν από μολυσμένους χώρους. Εμφανίζονται επίσης φυτοφάρμακα σε υδατορρεύματα.