Einführung
Auch wenn sich die Richtlinien in ihrem Schutzschwerpunkt unterscheiden, sind ihre allgemeinen Ziele ähnlich und ergänzen sich gegenseitig. Das übergeordnete Ziel der beiden Richtlinien ist es, durch die Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen zur Sicherung der Biodiversität beizutragen. Während die Vogelschutzrichtlinie auf die Erhaltung von Vogelarten abzielt, schützt die Habitatrichtlinie nicht nur andere Tier- und Pflanzenarten, sondern dehnt das Schutzsystem auch auf Lebensraumtypen aus. Die Vogelschutzrichtlinie schützt alle im europäischen Gebiet der Mitgliedstaaten natürlich vorkommenden Vogelarten (d. h. etwa 470 Arten), während die Habitatrichtlinie über 1 200 gelistete Arten und 231 Lebensraumtypen schützt, die auf der Ebene der Union von Bedeutung für den Naturschutz sind.
Ziel der Vogelschutzrichtlinie ist es, Artenpopulationen auf einem Niveau zu erreichen, das insbesondere den ökologischen, wissenschaftlichen und kulturellen Anforderungen entspricht. Die Habitatrichtlinie zielt darauf ab, einen günstigen Erhaltungszustand sowohl für Arten als auch für Lebensraumtypen zu erreichen. Bei der Verwirklichung ihrer allgemeinen Ziele erfordern die Richtlinien die Berücksichtigung wirtschaftlicher, kultureller und sozialer oder freizeitbezogener Erfordernisse, da diese Faktoren den Kontext, in dem die Richtlinien umgesetzt werden sollen, maßgeblich bestimmen. Die Habitatrichtlinie verlangt auch die Berücksichtigung regionaler und lokaler Besonderheiten.
Der Gebietsschutz ist im Rahmen des Naturschutzsystems der EU angesichts des sich verschlechternden Status quo der natürlichen Lebensräume und der wildlebenden Pflanzen- und Tierarten von großer Bedeutung. Lebensraumtypen von gemeinschaftlichem Interesse haben generell einen schlechteren Erhaltungszustand und eine schlechtere Entwicklungstendenz als Arten. In der gesamten EU sind nur 16 % der Lebensraumevaluierungen auf biogeografischer Ebene günstig ausgefallen, während mehr als zwei Drittel ungünstig ausgefallen sind. Trotz verbesserter Kenntnisse ist der Erhaltungszustand bei 7 % nach wie vor unbekannt, mit erheblichen Lücken insbesondere bezogen auf die Meeresumwelt (linkes Kreisdiagramm unten). Was die Tendenzen betrifft, so sind 33 % der Evaluierungen von Lebensraumtypen ungünstig-stabil, 30 % ungünstig-schlechter werdend und 4 % ungünstig-besser werdend (rechtes Kreisdiagramm unten). Grasland, Feuchtgebiete und Dünenlebensräume sind von besonderer Bedeutung. Auf der anderen Seite schneiden die Lebensräume Heide, Gestrüpp und Hartlaubgestrüpp (z. B. Macchie) überdurchschnittlich gut ab. Wälder und Süßwasserlebensräume sind überwiegend ungünstig, aber stabil. Die alpinen, makaronesischen und steppenartigen Regionen haben den höchsten Anteil an günstigen Bewertungen des Erhaltungszustands terrestrischer Lebensräume (zwischen 25 % und 50 %), während günstige Bewertungen des Erhaltungszustands von Meereslebensräumen nur für die marine makaronesische Region (33,3 %) und die marine Schwarzmeerregion (14,3 %) gemeldet wurden. 
Erhaltungszustand von Lebensraumtypen und Erhaltungszustand von Lebensraumtypen
mit Tendenzen für die ungünstig bewerteten
Quelle: http://ec.europa.eu/environment/nature/legislation/fitness_check/docs/nature_fitness_check.pdf#page=30